Можно.
Apollo в своем кэше может хранить все данные приложения относящиеся к серверу (фактически это все кроме состояния UI и еще пары мелочей типа сессии пользователя)
Так что в mobx просто становится меньше смысла, но совсем он не пропадает - если вам нужно зачем-то шарить состояние компонент друг между другом.
Ребята в Apollo предлагают его же использовать как стор и обращаться к локальному состоянию с помощью gql так же как и к удаленным данным. Не уверен насколько такой подход реально удобен в работе с состоянием компонентов, но возможность добавить какие-то локальные свойства к данным весьма неплоха.
вот тут можно почитать:
https://www.apollographql.com/docs/react/essential...