Судя по документации на сайте, процесс должен пройти нормально при исползовании того же хранилища что и в standalone режиме:
https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/convert-s...
Но честно говоря, я бы сделал mongodump предварительно, чтобы в случае чего подключиться к мастеру и сделать mongorestore.
В конце концов, можно создать пустую тестовую базу и попробовать мигрирацию на ней, прежде чем трогать продакшн. Что не отрицает необходимости сделать дамп.