Одному из шаблонов в название стилей добавить префиксы. Было .my-div_head
, а стало .drugoi_shablon_vasya-my-div_head
Но это не гарантирует 100% совместимость.
Так как если есть стилизация не через классы, типа a {color: red}
то прийдется еще напильником поработать.
Я так понимаю речь о слиянии, а не о переключении между шаблонами.