В Laravel, например, для этого существуют миграции, в других фреймворках тоже присутствует что-то подобное. Решение еще зависит от способа использования этой БД. Если обращение к таблице осуществляется только по именам полей, по-крайней мере добавлять их, можно сколько угодно. А вот если доступ осуществляется как к нумерованному массиву ( например mysqli_fetch_array( MYSQLI_NUM ) в PHP ), то можно нарваться на неприятности. Для полной реструктуризации, может быть нужно будет какой-то транслятор данных писать. Согласен с Hanneman, мало информации для вразумительного совета.
Средний
