Насколько мне известно товар в корзину можно положить указав собственную цену. Там ещё при создании BasketItem надо установить флаг CUSTOM_PRICE.
Кроме того, при получении цены товара возвращается массив, где кроме обычных цен ещё указаны цены с налогом.
Остаётся только в обработчике добавления товара в корзину добавить проверку группы пользователя и в определённом случае элементу корзины назначать цену без налога.