MySQL игнорирует файл конфигурации по адресу /etc/my.cnf. Изначально пытался увеличить размер буфера innodb_buffer_pool_size - но любые значения не приводили к изменениям. Даже если внести в файл случайный набор символов - синтаксической ошибки не возникает, MySQL перезапускается спокойно.
Аналогичный результат дает работа с файлами /~/my.cnf, /etc/my.cnf.d/my.cnf.