у меня в месте с ejabberd на сервере живет апач с сайтом, я поставил Certbot, в апач добавил домен на котором висит джабер, и запросил сертификаты через Certbot
Потом в конфиге ejabberd прописал это:
certfiles:
- "/etc/letsencrypt/live/<домен>/fullchain.pem"
- "/etc/letsencrypt/live/<домен>/privkey.pem"
- "/etc/letsencrypt/live/<домен>/chain.pem"
# - "/opt/ejabberd/conf/server.pem"
## - "/etc/letsencrypt/live/localhost/fullchain.pem"
## - "/etc/letsencrypt/live/localhost/privkey.pem"
#ca_file: "/opt/ejabberd/conf/cacert.pem"
ca_file: "/etc/letsencrypt/live/<домен>/privkey.pem"
А вообще, для ejabberd есть мод для letsencrypt. Народ вроде пользуется, вроде да же работает.
https://github.com/processone/ejabberd/pull/1959