$whirlpool=$row['whirlpool'];
$sha2=$row['sha2'];
$hash1 = md5(md5($row['whirlpool']).md5($row['sha2'].'1'));
$hash = md5(md5($whirlpool).md5($sha2).'1');
md5($row['sha2'].'1')
и md5($sha2).'1'
разные вещи.$hash = md5(md5($whirlpool).md5($sha2).'1');
$hash = md5(md5($whirlpool).md5($sha2.'1'));
и будет равенство.