Сам разобрался!
Вернет группы фильтов по категории и бренду
$category_id = 1;
$manufacturer_id = 5;
$query = $this->db->query("SELECT DISTINCT f.name, f.filter_group_id FROM ".DB_PREFIX."filter_group_description f
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."filter l ON(f.filter_group_id = l.filter_group_id)
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."product_filter t ON(l.filter_id = t.filter_id)
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."product p ON(t.product_id = p.product_id)
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."product_to_category c ON(p.product_id = c.product_id)
WHERE c.category_id = '".(int)$category_id."' AND p.manufacturer_id = '".(int)$manufacturer_id."'");
Вернет фильтра По категории, бренду и группе фильтров
$category_id = 1;
$manufacturer_id = 5;
$filter_group_id;
$query2 = $this->db->query("SELECT DISTINCT l.filter_id, l.filter_group_id, l.name FROM ".DB_PREFIX."filter_description l
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."product_filter t ON(l.filter_id = t.filter_id)
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."product p ON(t.product_id = p.product_id)
LEFT JOIN ".DB_PREFIX."product_to_category c ON(p.product_id = c.product_id)
WHERE l.filter_group_id = '" . $filter_group_id ."' AND c.category_id = '".(int)$category_id."' AND p.manufacturer_id = '".(int)$manufacturer_id."'");
Но это так примеры, варианты их использовал в разных местах под конкретную задачу.
Если кто знает более оптимальный вариант укажите буду благодарен!