Не знаю об особенностях работы с azure, но обычно, по флоу:
1. В репо лежит config.sample.js с тестовыми (не реальными credentials)
2. Сервис, который забирает исходники из репозитория и делает билд на сервере, должен иметь возможность запускать кастомные скрипты (вероятно, shell-скрипты), внутри скрипта прописано, что:
- файл (перед запуском процесса билда (какой-то pre-build, вероятно)), переименовывается в config.js
- чтение файла из скрипта, замена тестовых credentials на реальные, с помощью поиска по регулярным выражениям
- сервис делает билд, уже с готовым файлом конфигурации
И еще:
Не знаю, что у тебя в файле config.js, но для credentials лучше использовать env