Главное отличие в них в том, что datetime не зависит от временной зоны, а unixtime при получении вернет разное время в зависимости от часового пояса, поэтому при использовании клиентов бд в разных часовых поясах unixtime удобнее.
Ну и размер конечно в байтах отличается, при гигантском количестве данных выбор делается в пользу unixtime
Но если вы будете хранить unixtime не в предназначенных для этого полях типа int и возвращать не используя преобразование в дату встроенными функциями бд, то вся прелесть unixtime кроме размера теряется.
Простой
