В принципе можно запустить несколько nginx instances на разных портах, но ИМХО это бред. Nginx очень эффективный сервер и справится со всеми сайтами из одного instance. Что касается пользователей для сайтов, то это принято решать с помощью PHP-FPM, вот с этим проблем нет - запускаете несколько пулов, каждый под своим пользователем и с отдельным сокетом. А далее говорите Nginx для каждого виртуального хоста использовать свой сокет.