В общем тут
https://jsfiddle.net/ejk0grrg/ сделал все как мне надо. Но мне кажется слишком муторно получилось.
Суть такая кнопкам в слайде присваиваем номер слайда, что бы в попапе открывался нужный слайд, также находим все данные слайдов, бахаем их в json и в попапе строим по этим данным слайдер. Может можно как-то проще это все сделать?