Пытаетесь управлять состоянием нескольких элементов одной булевой переменной. Так не получится, пусть это будет массив булевых значений - меняем
animated: false
на
animated: Array(6).fill(false)
.
Этот же массив используем для создания элементов:
<div
v-for="n in animated"
:class="{ animated: n }"
...
Получать элементы посредством querySelector не следует - для этого есть
ref.
Ну а дальше всё просто - обходим элементы и цепляем к ним Waypoint:
this.$refs.animate.forEach((n, i) => new Waypoint.Inview({
element: n,
entered: () => this.$set(this.animated, i, true),
exited: () => this.$set(this.animated, i, false),
}));
https://jsfiddle.net/fsL9auht/