Например:
Есть у вас большой сервис и вы поменяли CSS код, но т.к. у ваших пользователей включен кеш, они не заметят изменений пока не почистят кеш. А если добавить версию к файлу, то браузер будет думать, что это новый файл и тем самым заставит пользователя загружать его с вашего сервера, а не с кеша.