Я понимаю что ядро одно, но окружение слишком разнообразное, мне нужна одна система.
Зачем?
Как использование кучи дистрибутивов скажется на производительности, если она очень важна вопреки удобству?
Вообще никак.
У Вас в контейнерах запускаются не дистрибутивы, и не "линуксы".
В контейнерах запускаются
процессы. И если это не кастомный образ, куда понапихано куча процессов с супервизором всего этого дела, то
процесс запускается один. Вопрос производительности - это вопрос производительности Вашего процесса, и того как он работает. Если Вы запускаете, к примеру,
mysqld
, то какие там файлы остальные в контейнере лежат - по-барабану, потому что производительность
mysqld
зависит от него самого, его конфигурации, и ресурсов машины, а не от того, по чьему фэн-шую разложены файлы, CentOS'овскому, или Debian'овскому.