https://atom.io/packages/atom-package-sync
А вообще вроде бы достаточно синхронизировать папку .atom
из альтернативных решений :
хранить содержимое папки .atom в папке синхронизации вашего облачного провайдера а сама .atom (на windows это c:\users\username\.atom - на linux скорее всего /home/username/.atom) - симлинк.
хранить содержимое папки .atom в репозитории и синкаться с ним