Сайт не помрет, все будет в порядке, зависит от сервера и кол-ва запросов. Вообще лучше не делать так, как вы описали, если хотите действительно удобную и расширяемую функциональность. В идеале - поставить node.js сервер(в дополнение к тому, на котором стоит PHP) и socket.io / любую другую библиотеку WebSockets. Но если хотите использовать на сервере только PHP и JQuery / нет возможности использовать VDS/VPS - есть более простой вариант - использовать Pusher/PubHub/ любой другой удаленный обработчик сообщений, в таком случае вам ставить дополнительно на сервере ничего не нужно будет (ну кроме небольшой js библиотеки), но и придется дать денюжку, если запросов будет много, тарифы разные у всех.
Можно и на PHP сервер сделать, могу посоветовать удобную библиотеку Ratchet.