Доброго дня. Решил потыкать xtrabackup. Бэкапит при куче инсертов с пропусками данных, из ~4млн строк пропустил около 300-400. Последующий инкрементный бэкап не спас ситуацию.
innobackupex --apply-log --redo-only full/
innobackupex --apply-log --redo-only full --incremental-dir=inc/
innobackupex --apply-log full
innobackupex --copy-back full