Допустим иметь ссылку на нужный контроллер. Передавать в контроллер текущего окна и там манипулировать данными контроллера родительского окна.
Как получать ссылку это дело исключительно Ваше. Некоторые делают статическую ссылку и через неё работают. Некоторые при вызове дочернего окна передают ссылку на себя.