var yellow = document.getElementById('yellow');
var green = document.getElementById('green');
var yRect = yellow.getBoundingClientRect();
var gRect = green.getBoundingClientRect();
Дальше сверяешь координаты (rect.top, rect.bottom, rect.left, rect.right).
Пересекаются ли диапазоны yRect.top - yRect.bottom и gRect.top - gRect.bottom и т.д.