Загрузил проект в репозиторий. Прошло время и на локальной машине рассортировал проект по папкам. Когда делаю git push в репозитории на github папок нету, а новые файлы просто скинулись в кучу. Как мне прийти к такому же виду репозитория, как у меня на локальной машине?