Этот плагин не может знать где был собран проект, на локальном компе или нет. Что касается вебпака, то он оставляет свой след, точнее загрузчик модулей в итоговом скрипте, поэтому и детектится.
Добавите на любую страницу скрипт
<script type="application/javascript">
window.webpackJsonp = window.webpackJsonp || true;
</script>
и плагин Wappalyzer покажет иконку вебпака для этой страницы.
Что касается сборки на сервере, то действительно - также как и на локальном компе.