В первом случае чтение выполняется быстрее. Если пользователь вводи все вручную, то ускорения не заметишь.
Далее удобства только для тебя. Первый вариант позволяет читать посимвольно/построчно/определенную длину. Второй вариант имеет кучу методов для чтения конеретного типа данных. Например просишь ввести пользователя число и делаешь вызов in.nextInt().