Когда я последний раз занимался подобным вопросом, решения было 3:
1. Через
PhantomJS (если мне не изменяет память, использовался именно он) строить кэшированные копии страниц, с уже загруженными данными (или каким-то другим способом, закэшировать страницу с уже подгруженными данными)
2. Не использовать JS для подгрузки контента
3. Подождать, пока Google научиться индексировать такие страницы. Разнообразные альфа/бета-* потуги уже были, но, думаю, это будет не очень скоро, по ряду причин.
P.S. Если я не ошибаюсь, в гугл-вебмастере есть функция "Посмотреть на сайт как гугл-бот", может пригодиться.