Если проект большой (больше чем просто 5 страничник) то во всем нужно строить правильную структура. Без неё в дальнейшем будет большой хаус, когда нужно будет что-то изменить, а зависимости валяются по всему проекту. И это касается как языков программирования, так и, конечно же, таблицы стилей.
Сразу скажу, что последний вариант, когда идет класс, и в нем же прописаны media, которые необходимы только этому классу это очень хороший вариант. Так как в случае чего не нужно бегать по всему коду (а если вы пишите на sass, то файлов будет много. по файлу на каждый компонент). А так все рядом, все видно, сразу понятно что к чему и легко вносить изменения.
На скорость никак не повлияет. Браузер в любом случае обработает все css которые вы ему скормите. А вот на последующую скорость разработки повлияет довольно таки сильно.