Вариантов полно и не обязательно использовать сторонние модули, работать с сокетами (именно так работают модули node-ipc, node-dbus и много других, предназначенных для этих целей) можно и через встроенный модуль "net".
https://nodejs.org/api/net.html
Или же, как вариант, запускать из основного процесса дочерние и общаться с ними так.
https://nodejs.org/api/child_process.html (child_process.fork())
const bot1= require('child_process').fork('./bot1.js');
bot1.send({param: value});
bot1.on('message', function (message) {
//...
});
В общем, вариантов предостаточно,
dnode,
messenger.js и т.п.