В прокси можно реализовать функционал по сортировке, который нецелесообразно применить к родительской модели в тех случаях, когда данных много и сортировка будет "тормозить". Ну это я прям из документации взял. Но выглядит здраво. Еще прокси удобно переназначить менеджер по умолчанию. При этом родительская модель остается нетронутой.
В прокси и менеджере можно реализовать одно и тоже в виде методов сохранения модели, выдачи данных, удаления, обновления. Разница будет только в том, что будет вызываться, сама модель или прокси модель (еще приятно в случае вызова прокси, не нужно указывать менеджер).
В общем различия не существенные получаются. На первый взгляд. Наверняка есть какие-то практики использования того и другого.
Средний
