Минифицированный файл для увеличения скорости загрузки страницы. Именно он должен использоваться на боевом сайте. Не минифицированный файл подключается на dev-сервере в процессе разработки. Это касается минифицированных файлов в целом. Файлы собираются системой сборки (gulp/grunt/webpack). После окончания разработки дается команда создать сжатый файл и он создается.
В случае бутстрапа используйте минифицированный, если вы не планируете вносить в него изменения и не минифицированный в противном случае.
