Вы можете использовать общие модели, либо в папке models сделайте папку console и там храните консольные модели.
Не забудьте про неймспейсы.
Фреймворк вас не ограничивает в структуре, поэтому делайте как вам удобно, не забывая при этом про дальнейшую поддержку кода (ваша структура не должна усложнять поддержку кода).