Если вы обновляете точки линии, то так же надо обновлять ограничивающую сферу вашей линии, что бы 'frustum culling' работал верно.
line.geometry.computeBoundingSphere();
Так же можно отключить 'frustum culling' линии в её настройках
line.frustumCulled = false;
Так мне ответили на stackoverflow