Первый вариант предпочтительнее. Он покажет реальный результат выполнения.
Данные из текстовой области отправляются на сервер через AJAX или web-socket, сервер выполняет в виртуальной машине в нативной среде в изолированной области памяти с огромным количеством ограничений по памяти, времени, с минимумом подключенных библиотек.
Второй вариант тоже нужен, но чаще для подсветки синтаксиса, чтобы подсказывать пользователю предполагаемую ошибку ещё до отправки на сервер.
... возникает вопрос с количество одновременных подключений и лицензиями 1С, у ним с этим всё строго
Значит надо делать исполнение через очередь с небольшим количеством параллельных процессов