Если вы сделаете так:
->whereRaw("`name` = '{$request->foo}'");
Конечно же, защита сойдет на нет.
Но если использовать только ORM конструкции, и не передавать Raw запросами публично получаемые данные - Eloquent полностью безопасен.
Да и на мой взгляд даже задумываться не надо об использовании Laravel, игнорируя все его прелести.
Если не используете MVC структуру ларавела, не используете модели с ORM, валидацию, Request, middleware, фильтры, провайдеры - сидите на голом PHP, зачем вам ларавел?