Здравствуйте!
Вы описали все правильно, данная ситуация возникает в случае, если текстуры использующуемые в материале скайбокса, обладают альфа каналом.
Что бы исправить эту ошибку, необходимо убрать альфа канал из текстур. Это сделать можно 3мя способами.
1) Воспользоваться кнопкой "Fix Now", которая располагается в инспекторе, на экране редактирования материала, чтобы попасть на этот экран, необходимо выделить материал скайбокса, это можно сделать в окне "Project" или другими доступными способами.
2) В ручном режиме изменить настройки импорта текстур, используемых в скайбоксе. Для этого в окне "Project", Вам необходимо выделить текстуру, в окне инспектора в поле "Texture Type" выставить "Advanced" и в нижней части окна настроек импорта в поле "Format" выставить формат без альфа канала, например "RGB 16". Сам формат выбирается в соответствии с Вашей платформой под которую Вы пишите свое приложение, но тема выбора формата компрессии текстур, достойна отдельного вопроса =)
3) Удаление альфа канала на уровне файла текстуры, для этого необходимо иметь навыки работы с графическими редакторами (Photoshop, GIMP и п.р.).
Надеюсь что я смог Вам помочь!