Из большой и толстой задачи надолго занять ум.
Поднять базовую систему (OS на выбор)
Поднять в ней сеть.
Обновить ядро и систему, установить драйвера под железо.
Установить SSH, DNS, DHCP, WEB, FTP, xSQL, Proxy, Jabber, VoIP сервисы, для разработки еще svn/git сервер пригодится. Установить Samba для связи с Windows миром, привязать авторизацию сервисов через samba с Active Directory — web, ssh, ftp, voip, proxy это умеют.
Правильно настроить Firewall (в зависимости от дистрибутива) + NAT.
Установить exim, postfix, sendmail, dovecot + спамфильтры, любую почтовую вебморду на выбор
Для поиграться после настройки почты — отдельно поставить Zimbra(она бесплатна)
Настроить SNMP, мониторинг системы и сервисов с уведомлениями в почту, jabber, sms, в телефон по VoIP.
Настроить резервное копирование, проверить восстановление, грохнуть всё, восстановить сервер из бекапа на голое железо.
Можно поставить какой-то сайт, по тестировать его производительность в продакшене на работе — система заявок, документация на вики движке.
В процессе этого навозиться с скриптами на bash, perl, python, sed, awk и планировщиком и оптимизацией сервисов под High Availability, то есть большую нагрузку.
Настроить tftp + dhcp для загрузки и установки следующего сервера непосредственно из сети.
На втором сервере настроить балансировку нагрузки на уровне серверов и конкретных сервисов.
В процессе этого Вы, скорее всего, поймёте то, что Вам больше всего интересно из этих направлений и интересно ли вообще.
Кстати да, FreeBSD за границей не очень котируется, судя по отзывам, так что смотреть лучше в сторону debian/centos/rhel/suse — под последними тремя всё чаще встречаю работающие oracle.
По дебиану и FreeBSD очень неплохие хендбуки, в том числе и на русском языке.