Эмс, кажется вы не совсем понимаете, что такое vagrant...
Vagrant - это система конфигурирования виртуальных машин.
Если вы хотите использовать vagrant - окружение в полной мере должно быть установлено через механизмы provision (shell, ansible, salt-stack, putty, chef, ....), либо потом руками (но такой подход - как правило хреновый)
Это значит, что И php И composer должны быть установлены на вашей гостевой машине (виртуальная, что под вагрантом).
В данном случае IDE не должен этим заниматься.