Суть в борьбе со сложностью.
Во первых в разных апликейшинах могут действительно содержаться по сути разные сервисы, двольно косвенно связанные между собой, нет никакого смысла превращать их в единый божественный апликешен, какждый апликешен умеет делать что-то своё и это замечательно, помимо этого может быть наоборот апликейшен который предоставляет некие общие для всех интерфейсы, дабы не дублировать их.
Помимо этого если у вас фактически на одному инстансу джанги соответствует один сервис, разделение на пликейшены опять же имеет смысл, опять таки для борьбы со сложностью, так сказать инкапсуляция ооп в макромасштабе, разделяете проект по логическим составляющим и каждая пишется в своём апликешене, это очень удобно.
