Да. Можно сбросить autoincrement до нужного значения.
Если не ошибаюсь вот так: ALTER TABLE `table_name` AUTO_INCREMENT = <число>
<Число> не может быть меньше текущего максимального id. Если например написать ALTER TABLE `table_name` AUTO_INCREMENT = 0
будет сброшен на текущее максимальное значение.