Гхм… ну вообще-то это один из показателей профессиональности дизайнера, удобство для себя и уважение к тем, кто столкнется с этим макетом позднее.
Я, бывает, трачу целый день, выгребая кучи мусора, переименовывая, распихивая слои по папкам и помечая их разными цветами, перед тем как отправлять исходники в дальнейшее плавание.