Первый раз увидел опцию :shared_children во второй версии.
Обычно нужная директория убиралась из гита, ложилась в shared и вешался хук:
after 'deploy:update_code', roles: :app do
run "rm -f #{current_release}/public/uploads" # На всякий случай, если каким-то образом попал, например, симлинк
run "ln -s #{deploy_to}/shared/public/uploads/ #{current_release}/public/uploads"
end