Когда Вы делаете MongoClient.connect с использованием драйвера
mongodb то создается пул соединенний с базой, они открываются и закрываются по мере необходимости, так что, не волнуйтесь и используйте одно соединение с БД для всех запросов к БД. И если у Вас платформа для игр, то храните все в одной БД, потом будет проще бекапить и восстанавливать, а если хорошо подумать, то и какая-то обобщенная структура со временем наметится.