Миграция - это итерация изменения БД, с возможностью отката в случае ошибок. Поднимать вопрос об объединении миграций в одну имеет смысл только в случае, если это приводит к неприятным последствиям, например: поднятие dev окружение - больше часа выполняет UP БД, или в случае отката будут уничтожены данные (хотя за такую миграцию разработчику швабру кое куда засунуть надо), или еще чего. Просто "много файлов миграций" - это НЕ причина.
Вообще говоря можно сделать следующее: выполнить dump БД, а дальше создать отдельную миграцию, которая будет только выполнять этот dump.