как вариант вводить атрибут типа data-parent-id и data-id для каждого чекбокса, и при клике отслеживать значение data-parent-id и соответственно отмечать чекбокс с data-id равным data-parent-id отмеченного чекбокса,ну и дальше по связям отмечать остальных родителей.
Именовать атрибуты data-parent-id и data-id не обязательно так, но у jQuery есть функция jQuery.data() которая работает с такими атрибутами, что облегчает задачу
