Доброе время суток!
После переустановки Qt 5.4 заметил, что свободной памяти стало меньше на пару гигабайт. Хотя устанавливал абсолютно так же, как и в прошлый раз. Решил проверить, повторил вышесказанное, в итоге потерял ещё пару гигабайт.
Удалял нормально, через Панель Управления-> Установка и Удаление Программ.
Куда же пропадает память? Какие-то еще файлы остаются после удаления QT?
Посмотрите в папке куда установлена Qt. Возможно у вас стоят 2 версии.
Так же можете воспользоваться программой SpaceSniffer и посмотреть что занимает место.