Конечно вопрос старый, но может кто-то наткнётся, сегодня понадобилось перенести данные эластика на другой сервер. (Elasticsearch 2.3.5) На первом сервере эластик уже не работал, только файлы были. Поэтому разными утилитами бэкапа пользоваться бы не получилось. Помогло следующее:
На новом сервере запустил эластик, создал индекс, положил в него 1 документ и остановил его. (чтобы он создал файловую структуру).
На новом серваке в папке, где эластик хранит документы есть папка с названием кластера.
В этой папке есть папка nodes, в ней папка 0, а в ней соответственно папка indices, а в этой папке подпапки по названиям индексов. Например если кластер называется 'SuperCluster' то стандартный путь будет
'/var/lib/elasticsearch/SuperCluster/nodes/0/indices'
Вот сюда я скопировал файлы из папки indices с предыдущего сервера. Потом запустил эластик на новом сервере, и он через некоторое время подхватил все индексы стал с ними работать.