Сам факт того, что на девайсе включен VPN, будет виден любому приложению - как в обычном пространстве, так и в защищенном через ConnectivityManager. Однако сам трафик внутри песочницы через vpn не пойдет, даже если не включен split tunnel и всякие подробности про vpn также видны не будут (по крайней мере так это работает в Папке Knox).
Никаких способов ограничить видимость VPN без рут-прав нет.