я не знаком с miminet (хоть и слышал краем уха), использую eve-ng в основном. Ну по логике вещей тут
1. VRF
2. Натить каждый хост в свой уникальный ip
В зависимости от условий задачи и возможностей платформы
Судя по тому что вы там написали про NAT скорее всего вариант 2 выбрали. Почему не работает? Проверяйте связность между всеми маршрутизаторами отдельно, потом посмотрите через pcap с какими адресами ходят пакеты, может там что-то некорректно