Проблем может быть много, но начать стоит с главной: у вас есть физические представительства в этих регионах? Если нет, то рассчитывать на топонимы в контенте не стоит.
Яндекс присваивает регионы только при условии, что вы действительно в регионе есть физически и можете это подтвердить. Офис, шоурум, склад - что угодно, где есть телефон, на который можно позвонить, и адрес, куда можно прислать бабушку-толокера для проверки.
В вашем случае я бы начал с учёток в Яндекс-Бизнес. Данные с сайта (и в Вебмастере) тут практически бесполезны, поскольку на сайте вы можете написать всё, что угодно, а Яндексу нужна фактура. Он не хочет ранжировать фейковые компании, нерелевантные бизнесы и т.п.
И ещё момент: статьи (инфо-интент) на субдоменах не нужны, если не имеют прямого отношения к региону и локального поискового спроса. Тем более, если это копии: они просто будут склеены с канонической страницей на основном хосте.
Простой
Сложный
