Сделайте подложку с клетками под input-ом, сам input - прозрачный. Так вы сможете задать отдельно ширину подложки и отдельно ширину input-а.
Из-за того, что letter-spacing делает отступ строго справа от символа, вы никогда не сможете приладить к ним центрированные элементы фона для каждого символа в том же теге.