Для этого стоит изучить язык программирования.
Текстовый файл не самый удачный выбор для хранения данных.
Для удаления одной строки из текста нужно прочитать весь файл в массив строк или список.
Удалить из массива строку и записать его обратно.
можно поступить проще.
открываете один файл на чтение и другой на запись.
читаете из первого строку, если номер строки не равень нужной, то записать.
закрываете файлы.
переименовать временный (выходной) в исходный.
Стоит подумать о блокировках, чтобы при нескольких паралельных вызовах бота файл не портился
